Penyebab Kutil kelamin merupakan salah satu jenis infeksi menular seksual yang dianggap umum terjadi. Kondisi ini disebabkan oleh human papillomavirus (HPV). Terdapat lebih dari seratus jenis virus HPV, namun tidak semuanya menyebabkan kutil kelamin. Hanya sekitar 40 jenis saja yang ditularkan lewat kontak seksual. Dan sekitar 90 persen kasus kutil kelamin disebabkan oleh HPV tipe 6 dan 11. Setelah masuk ke tubuh, virus HPV akan berdiam di dalam sel dan memperbanyak diri. Setelah itu, virus akan keluar dari sel inang dan menyerang sel lain yang sehat.
Rentannya seseorang untuk tertular kutil kelamin biasanya ditunjang oleh beberapa faktor risiko, seperti melakukan hubungan seksual dengan orang yang berbeda-beda tanpa mengenakan kondom, melakukan hubungan dengan seseorang yang riwayat kehidupan seksualnya tidak diketahui, dan aktif secara seksual sejak usia remaja. Selain itu, seseorang juga lebih rentan terkena kutil kelamin jika sebelumnya pernah menderita penyakit menular seksual lainnya.
Pemakaian kondom dapat menjadi langkah minimal untuk melindungi kita dari kutil kelamin, meski alat kontrasepsi ini tidak sepenuhnya menutupi kulit area genital.
Virus kutil kelamin tidak bisa ditularkan melalui pelukan, ciuman, atau media perantara tertentu, misalnya alat makan, handuk, atau kertas toilet. Virus ini hanya bisa ditularkan melalui kontak antara kulit dengan kulit ketika berhubungan intim, termasuk seks anal, seks oral atau berbagi sex toys (alat bantu seks). Meski tidak terjadi penetrasi seksual, sentuhan antar kulit kelamin tetap berisiko menularkan virus.
Walau sangat jarang terjadi, virus juga bisa menular ketika tangan seorang penderita kutil kelamin menyentuh area genital sendiri kemudian menyentuh area genital pasangannya. Selain itu, seorang ibu juga dapat menularkan virus kutil kelamin kepada bayinya selama proses persalinan. Sama seperti melalui tangan, kasus semacam ini juga jarang terjadi.